ЦПЗ „Проф. Н. Шипковенски” разполага с вътреболнична аптека, която обслужва стационарните отделения и зарежда спешните шкафове на останалите структури.

Тя се ръководи от магистър–фармацевт Анастасия Стоилова, която има богат професионален опит.